Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1202166	1202168	3	15 [0]	[0] 16	intE	predicted integrase

GGATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATC  >  W3110S.gb/1202101‑1202165                                                                 | ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:2253585/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:2393272/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:2410460/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:2925994/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:2942715/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:40481/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:600916/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:684533/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:783092/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:783526/65‑1 (MQ=255) ggATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:985082/65‑1 (MQ=255) ggATCGCGTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:1451664/65‑1 (MQ=255)  gATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTTATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:552614/64‑1 (MQ=255)  gATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:2582846/64‑1 (MQ=255)                         aGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATc  <  1:2641974/41‑1 (MQ=255)                                                                 | GGATCGCTTGATAGCGATCTAACCAGGTTGACGTTGTGATAGCCTTTCCTTTGCTGGTTGCGATC  >  W3110S.gb/1202101‑1202165

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑