Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1133991	1133994	4	6 [0]	[0] 13	flgD	flagellar hook assembly protein

GGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAG  >  W3110S.gb/1133995‑1134059 |                                                                 ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:1361711/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:190930/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:1911526/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:1995701/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:2232668/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:2719799/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:3018624/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:3084690/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:423389/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:497156/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:576040/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:880467/65‑1 (MQ=255) ggtACACAACTGGTTGCCCAGCCACTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAg  <  1:961024/65‑1 (MQ=255) |                                                                 GGTACACAACTGGTTGCCCAGCCGCTGCAGTTTGCTCTGGTGCAGGGTGTGATCCGCGGCAACAG  >  W3110S.gb/1133995‑1134059

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑