Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1964461	1964490	30	2 [0]	[0] 15	flhE	flagellar protein

TCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTA  >  W3110S.gb/1964491‑1964555 |                                                                 tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATGCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:2996997/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:1041088/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:1351373/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:1576109/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:194234/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:20894/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:2332243/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:2872954/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:2876654/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:3039586/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:397212/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:41608/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:469838/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:643623/65‑1 (MQ=255) tCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTa  <  1:759308/65‑1 (MQ=255) |                                                                 TCGGGCCGATAAGCTGATAACGCCACGCTACCAGCGTCATCAATCCTGAAGCAGGTTGTCGCGTA  >  W3110S.gb/1964491‑1964555

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑