Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2076657	2076711	55	2 [1]	[0] 7	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

GTTCAGGCCGGTTATGCCCACAGCGTCAGCGGCAGCAGCGCTGAAGGGTATAACGGTCAGGCCAC  >  W3110S.gb/2076712‑2076776 |                                                                 gTTCAGGCCGGTTATGCCCACAGCGTCAGCGGCAGCAGCGCTGAAGGGTATAACGGTCAGGCcac  <  1:100309/65‑1 (MQ=255) gTTCAGGCCGGTTATGCCCACAGCGTCAGCGGCAGCAGCGCTGAAGGGTATAACGGTCAGGCcac  <  1:1731708/65‑1 (MQ=255) gTTCAGGCCGGTTATGCCCACAGCGTCAGCGGCAGCAGCGCTGAAGGGTATAACGGTCAGGCcac  <  1:2620177/65‑1 (MQ=255) gTTCAGGCCGGTTATGCCCACAGCGTCAGCGGCAGCAGCGCTGAAGGGTATAACGGTCAGGCcac  <  1:2999903/65‑1 (MQ=255) gTTCAGGCCGGTTATGCCCACAGCGTCAGCGGCAGCAGCGCTGAAGGGTATAACGGTCAGGCcac  <  1:3099853/65‑1 (MQ=255) gTTCAGGCCGGTTATGCCCACAGCGTCAGCGGCAGCAGCGCTGAAGGGTATAACGGTCAGGCcac  <  1:393115/65‑1 (MQ=255) gTTCAGGCCGGTTATGCCCACAGCGTCAGCGGCAGCAGCGCTGAAGGGTATAACGGTCAGGCcac  <  1:876174/65‑1 (MQ=255) |                                                                 GTTCAGGCCGGTTATGCCCACAGCGTCAGCGGCAGCAGCGCTGAAGGGTATAACGGTCAGGCCAC  >  W3110S.gb/2076712‑2076776

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑