Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,148,462	0	G	A	68.4%	49.4 / 29.9	38	A1020A (GCG→GCA)	yegE	predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (6/6);  new base A (26/0);  total (32/6)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.35e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

TCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACG  >  W3110S.gb/2148443‑2148508                    |                                               tCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCt                            <  1:811178/40‑1 (MQ=255) tCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCt                            <  1:1449997/40‑1 (MQ=255) tCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCt                            <  1:1454160/40‑1 (MQ=255) tCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCt                            <  1:2178584/40‑1 (MQ=255) tCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCt                            <  1:2339619/40‑1 (MQ=255) tCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCt                            <  1:2882387/40‑1 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTa                           >  1:2703674/1‑40 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAAc   >  1:369255/1‑64 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:1041278/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2335713/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2483727/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2652496/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2818847/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2833116/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2995916/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:562566/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:570590/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:603651/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:701787/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:214556/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:1144279/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:1363509/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:1581199/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:1635826/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:1762903/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:198612/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2009506/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2086780/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2087672/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2110529/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:2113296/1‑65 (MQ=255)  cTTCAACTCGCTGAAAGCAAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACg  >  1:221619/1‑65 (MQ=255)     cAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACtt                        >  1:2933032/1‑40 (MQ=255)     cAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACtt                        >  1:2978971/1‑40 (MQ=255)     cAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACtt                        >  1:2991872/1‑40 (MQ=255)     cAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACtt                        >  1:1879562/1‑40 (MQ=255)     cAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACtt                        >  1:3080470/1‑40 (MQ=255)     cAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACtt                        >  1:1633129/1‑40 (MQ=255)                    |                                               TCTTCAACTCGCTGAAAGCGAATATGGCAGATTACCTGCTACTTGATGGTGAGTTATGCGCCAACG  >  W3110S.gb/2148443‑2148508

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑