Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | W3110S.gb | 1,051,238 | T→C | intergenic (+286/+147) | insB → / ← cspH | IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | W3110S.gb | 1,051,238 | 0 | T | C | 98.9% | 323.4 / ‑4.3 | 87 | intergenic (+286/+147) | insB/cspH | IS1 transposase InsAB'/stress protein, member of the CspA‑family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (72/14); total (72/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
AGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTG > W3110S.gb/1051210‑1051297 | agattCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:393915/4‑60 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:2843847/1‑60 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:2454630/1‑60 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:1648362/1‑60 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:165712/1‑60 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:2841573/1‑60 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:1764056/1‑60 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:283061/1‑60 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:2797084/1‑60 (MQ=255) aGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAgaga > 1:787696/1‑60 (MQ=255) 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1:330273/1‑65 (MQ=255) gCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2520073/1‑65 (MQ=255) gCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2576819/1‑65 (MQ=255) gCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2622440/1‑65 (MQ=255) gCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2736275/1‑65 (MQ=255) gCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2825106/1‑65 (MQ=255) gCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2825240/1‑65 (MQ=255) gCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2851112/1‑65 (MQ=255) gCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2915693/1‑65 (MQ=255) gCTGTCAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTtg > 1:2987663/1‑65 (MQ=255) | AGTTTCAAGTGGTACTATAACTGGCTGTTAAATGGCATTTATAACTATTAGGTGCAGAGATATTCGCTTAAATGGATTAGTTTCTTTG > W3110S.gb/1051210‑1051297 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |