Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	155,463	A→T	*247K (TAA→AAA)	ecpD ←	predicted periplasmic pilin chaperone

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	155,463	0	A	T	100.0%	323.5 / NA	94	*247K (TAA→AAA)	ecpD	predicted periplasmic pilin chaperone
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (66/28);  total (66/28)

ATTTTTAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTACAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGCC  >  W3110S.gb/155403‑155490                                                             |                            aTTTTTAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGc                         <  1:102923/65‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGc                         <  1:1605604/65‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGc                         <  1:1099440/65‑1 (MQ=255) aTTTTTAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGc                         <  1:2662537/65‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:224145/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:1724214/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:1800095/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:276259/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:81399/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:1929675/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:1976149/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:2007280/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:2810161/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:2310247/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:751482/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:746190/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:740602/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:528428/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:2566279/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:94475/64‑1 (MQ=255)   ttttAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAACTATATCCTTGCCTGATTTCAGcc                        <  1:3084064/64‑1 (MQ=255)       aGTATATTCTATAGTCACTCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGc                    <  1:2901257/64‑1 (MQ=255)       aGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGc                    <  1:52540/64‑1 (MQ=255)       aGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGc                    <  1:1502541/64‑1 (MQ=255)       aGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGc                    <  1:2954716/64‑1 (MQ=255)        gTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGc                    <  1:808647/63‑1 (MQ=255)          atatTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGc                         <  1:737712/56‑1 (MQ=255)            atTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGc                    <  1:956255/59‑1 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATTCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTa                >  1:897002/1‑58 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTa                >  1:2297096/1‑58 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:1499333/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:319055/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:789387/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:224417/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:1702685/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:1478628/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:3041245/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:1067537/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:3046825/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:862124/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:69815/1‑65 (MQ=255)                 ataGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCaa         >  1:631474/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCGTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:79154/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:343511/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:339902/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:522883/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:2145233/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:2893540/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:36494/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:2354650/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:974552/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:1245636/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:134761/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:1705796/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:1820623/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:1879584/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:1949092/1‑65 (MQ=255)                        cGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGcc  >  1:24987/1‑65 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:866286/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:47259/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:875543/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:886673/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:44289/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:90852/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:942142/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:1023585/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:956789/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:2177502/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:1020533/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:1082806/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:110922/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:1501783/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:1521531/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:1538161/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:167620/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:168709/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:1892705/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:1921239/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:38829/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:2293353/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:2396719/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:2433516/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:248025/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:2527349/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:2618033/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:2644678/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:2663383/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:2786392/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:3043278/1‑39 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAt                  >  1:1906200/1‑38 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAt                  >  1:2555539/1‑38 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAt                  >  1:1386784/1‑38 (MQ=255)                                   cTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTTCAGCATGGCAtt                 >  1:2432558/1‑39 (MQ=37)                                   cTGCGGAATTATATACTTGCCTGATTTCAGCCTGGCAtt                 >  1:1829151/1‑39 (MQ=37)                                                             |                            ATTTTTAGTATATTCTATAGTCACGCTATGCTTCCTGCGGAATTATATCCTTGCCTGATTACAGCCTGGCATTACCTTCAATTGCGCC  >  W3110S.gb/155403‑155490

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑