Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	1,249,660	A→C	Y344* (TAT→TAG)	dhaH ←	fused predicted dihydroxyacetone‑specific PTS enzyme HPr component and EI component

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,249,660	0	A	C	100.0%	101.5 / NA	29	Y344* (TAT→TAG)	dhaH	fused predicted dihydroxyacetone‑specific PTS enzyme HPr component and EI component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (0/29);  total (0/29)

CCAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCATATTCTGCCGTGCAA  >  W3110S.gb/1249611‑1249675                                                  |                ccAGTTGCTGGTATTTCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:861269/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2177343/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:975947/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:870696/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:855983/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:792553/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2788317/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2511589/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2510282/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:242914/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2412921/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2397632/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2373497/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2367971/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2338115/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1113665/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2140209/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:2137071/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1742522/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1592463/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1564305/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1556118/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1471319/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1461144/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1337391/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:131001/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1286835/65‑1 (MQ=255) ccAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1140439/65‑1 (MQ=255)   aGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCCTATTCTGCCGTGCaa  <  1:1231154/63‑1 (MQ=255)                                                  |                CCAGTTGCTGGTATTGCTGGCTAAGTTCTTTAAGAACTTGCTGCCAGGCATATTCTGCCGTGCAA  >  W3110S.gb/1249611‑1249675

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑