Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,303,631 C→T Q246Y (CAG→TAT)  oppA → oligopeptide transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,303,6310CT100.0% 199.4 / NA 62Q246Y (CAG→TAT) oppAoligopeptide transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (20/42);  total (20/42)

CGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTA  >  W3110S.gb/1303579‑1303680
                                                    |                                                 
cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt                                       <  1:682204/65‑1 (MQ=255)
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                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:2824365/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:189652/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1857823/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:2213707/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1037263/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:251689/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:153432/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:254972/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:389829/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:136920/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:796411/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1339302/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:2835621/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1321950/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:121239/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:3012481/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:1126465/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa                       >  1:994025/1‑65 (MQ=255)
                ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCAGa                       >  1:2307553/1‑65 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:293215/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:673979/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:325230/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:314782/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:2514939/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:2129241/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:183012/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1180225/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1279453/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:898623/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1322519/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1381957/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1478494/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1501152/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1506007/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:152204/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:737916/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1637505/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1688085/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:709676/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:1746024/65‑1 (MQ=255)
                               aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa        <  1:688271/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGTAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:582242/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:440978/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:240289/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2911399/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2900902/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2876884/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2762999/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2556935/65‑1 (MQ=255)
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                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:2535811/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:1739401/65‑1 (MQ=255)
                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:1601683/65‑1 (MQ=255)
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                                     aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa  <  1:1290673/65‑1 (MQ=255)
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                                                    |                                                 
CGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTA  >  W3110S.gb/1303579‑1303680

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: