| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 274373 | NA (NA) | 159 (2.490) | 20/128 | 0.6 | 100% | intergenic (‑32/‑176) | insH/mmuP | IS5 transposase and trans‑activator/predicted S‑methylmethionine transporter |
| ? | W3110S.gb | 576000 = | 0 (0.000) | pseudogene (109/1128 nt) | nmpC | DLP12 prophage region; ECK0544:JW5078:b0553; truncated outer membrane porin | |||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/274304‑274373‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAA > W3110S.gb/576000‑576067 ATGATGTACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:3930839/1‑71ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1348025/71‑1ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1988729/71‑1ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:3319140/71‑1ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1589403/1‑71ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:3154648/1‑71ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:543065/71‑1ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:2762947/1‑71ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:2529787/71‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:2925096/71‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:2919698/71‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:2217561/71‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:4681345/71‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:866388/71‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1050655/70‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:2797303/70‑1 TGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:3906619/70‑1 ATGCACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGCCTTGTTCGCCCCTTCCT > 1:471798/1‑68 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:4116532/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:4236764/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3692247/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:3522663/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:4416503/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:4486914/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:554887/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:648625/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:813161/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:938535/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1034040/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:981959/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1154496/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1954521/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1485929/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:2390503/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:225842/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:1244645/1‑71 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA < 1:2654740/70‑1 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1407645/1‑68 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:1698432/1‑68 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:4275394/1‑68 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCATCCT > 1:3682908/1‑68 ATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACATTCCTTAG > 1:3454886/1‑71 ATGAACACTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT > 1:602236/1‑68 TGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:80220/1‑70 ACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACT < 1:1966463/71‑1 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGAT > 1:4335926/1‑71 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGAT > 1:3243594/1‑71 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:2207257/61‑1 CTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1824665/61‑1 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:641970/1‑61 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:908514/1‑61 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:3242089/1‑61 GTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:1230550/60‑1 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGT < 1:2702385/62‑1 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:2984488/61‑1 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:271313/58‑1 TTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACATGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATG > 1:4486380/1‑69 TCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAG > 1:3755214/1‑71 CTATGGCTCCTGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCAGCTTCCTTAG < 1:3297520/59‑1 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTA > 1:2411303/1‑61 CTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTA > 1:2760973/1‑58 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGC < 1:4393838/68‑1 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTA > 1:2879378/1‑58 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG < 1:1939934/56‑1 GCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAG > 1:457054/1‑54 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA < 1:1282763/71‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA < 1:3354175/71‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA < 1:3653901/71‑1 CAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA < 1:479977/71‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:816705/71‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAA < 1:398501/71‑1 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:3841136/45‑1 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:1624330/45‑1 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:1602866/44‑1 ATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCT < 1:2168574/44‑1 GACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA > 1:2532141/1‑59 GACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA > 1:1771544/1‑59 GACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTA > 1:4429558/1‑59 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGC < 1:897340/71‑1 ACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGC < 1:4080471/71‑1 CAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGC < 1:424393/70‑1 AAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCA > 1:3126036/1‑71 AACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA < 1:2022356/62‑1 AACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGA < 1:3371067/62‑1 CATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCA > 1:3049685/1‑68 CATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTT < 1:2866825/37‑1 TATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGC < 1:3545914/56‑1 TCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCA > 1:3767318/1‑71 TCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCA > 1:1170016/1‑56 TCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCA > 1:3989260/1‑56 TCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCA > 1:3852824/1‑56 AGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATC > 1:323187/1‑71 GACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGT > 1:3055576/1‑70 ACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGC < 1:2911577/48‑1 TCGCACCTTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCT < 1:2438682/70‑1 TTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTG > 1:1404670/1‑70 TTCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCA > 1:1315320/1‑37 TCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTTATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAA > 1:4560777/1‑71 TCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAA > 1:2067345/1‑71 TCCTTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCA > 1:3028312/1‑51 ATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/274304‑274373‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTACTGATGCAGCTACAGCAGAAATTGCCACTGTTAATTTTTTCATCGTGAGCCCTTTTTTTGAA > W3110S.gb/576000‑576067 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |