| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 17 (0.270) | 84 (1.320) | 40/128 | 0.1 | 83.2% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
| ? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' | |||||
TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748867‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG > 1:4683007/1‑71TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGG > 1:25427/1‑71 TTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGT < 1:110496/70‑1 TTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGT < 1:1615176/70‑1 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATG < 1:1821713/69‑1 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:350683/68‑1 GGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAAT < 1:2521378/68‑1 CCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAA > 1:4423087/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA > 1:3488635/1‑71 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTT < 1:4472780/70‑1 TATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACT < 1:4359139/69‑1 ATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTA < 1:3419356/70‑1 TCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT < 1:4185064/71‑1 CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:851956/1‑70 CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:3578026/1‑70 CCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATT > 1:3464326/1‑70 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA < 1:3413591/71‑1 CTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA > 1:1885022/1‑71 TTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGT < 1:651294/51‑1 TTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGT < 1:2709833/51‑1 TATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA > 1:4136527/1‑69 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAG > 1:3753724/1‑71 ATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGAT < 1:3131560/69‑1 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT > 1:584705/1‑71 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT > 1:3175064/1‑71 TCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGT > 1:2809272/1‑71 CATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG > 1:454830/1‑71 TTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TT > 1:1576051/1‑71 TTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TT > 1:2360681/1‑71 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTT < 1:408728/70‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTT < 1:1527565/70‑1 GCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTT > 1:2727912/1‑70 CCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTT < 1:1389726/70‑1 TGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATG > 1:1264641/1‑71 GGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGT > 1:101694/1‑71 GGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGAT > 1:4360875/1‑59 GGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA > 1:3352136/1‑58 GGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:3706033/1‑44 GGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGA > 1:4212932/1‑44 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTT < 1:416123/71‑1 GTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATG < 1:355446/69‑1 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTT > 1:355798/1‑68 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTT > 1:3592564/1‑68 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTT > 1:2050319/1‑68 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTT > 1:202859/1‑68 TTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGT > 1:1994330/1‑67 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGAT < 1:193795/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGAT < 1:2280799/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGAT < 1:1632241/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGAT < 1:2308664/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGAT < 1:3316122/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGAT < 1:4455607/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTACAGAT < 1:1363165/70‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTA < 1:1238414/61‑1 AATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTA < 1:3906996/61‑1 ATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTGCAACTTATTGATAGTG‑TTTTA < 1:3996265/60‑1 ATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGAT < 1:190366/69‑1 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTTATGTTCAGATAA > 1:4325620/1‑71 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAAT > 1:2705709/1‑71 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAAT > 1:3721390/1‑71 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGAT < 1:2530777/68‑1 TGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGA > 1:630471/1‑49 TGCTTAATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTTATGTTCAGATAA > 1:1808117/1‑71 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGC > 1:3190381/1‑71 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAA > 1:3450478/1‑68 CTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑T > 1:67186/1‑53 TTCCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTAT < 1:2063159/53‑1 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGA > 1:1683889/1‑71 CCGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAA > 1:626565/1‑61 CGGGTTATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGAT < 1:3369387/40‑1 CGGGTTATTGTTATTAGGGTAACGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGAC < 1:3872133/71‑1 TTATTGTTATTAGGGTAATGAGTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTG > 1:1236065/1‑71 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:3653864/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:2015625/70‑1 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > 1:3363642/1‑70 ATTGTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:743367/70‑1 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:2311874/1‑71 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:3760353/1‑71 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:4488944/1‑71 GTTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG > 1:2987229/1‑71 TTATTAGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG < 1:2615534/70‑1 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > 1:469296/1‑71 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > 1:1585097/1‑71 AGGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT < 1:4486137/61‑1 TTTTCTGGGGTGCCTTTATCCTTATCATTGCCTGGTTTTCAATGCTTCATTCCGGGTTATTGTTATTAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/3748867‑3748799‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTG‑TTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTC > W3110S.gb/4056222‑4056290 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |