| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,347,872 | C→T | R18W (CGG→TGG) | npr → | phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of N‑regulated PTS system (Npr) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,347,872 | 0 | C | T | 98.7% | 237.6 / NA | 79 | R18W (CGG→TGG) | npr | phosphohistidinoprotein‑hexose phosphotransferase component of N‑regulated PTS system (Npr) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (45/33); minor base A (1/0); total (46/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAAAAACGTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCCGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGA > W3110S.gb/3347806‑3347936 | ggAAAAACGTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGcc > 1:2303273/1‑71 (MQ=255) gTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATg > 1:1660403/1‑70 (MQ=255) gTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGa < 1:3543075/71‑1 (MQ=255) aaCCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAg < 1:1289042/70‑1 (MQ=255) aaCCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGc > 1:3374036/1‑71 (MQ=255) aCCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTg < 1:4363417/70‑1 (MQ=255) gTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAAtt < 1:221301/71‑1 (MQ=255) aaGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGc > 1:1084075/1‑46 (MQ=255) aaGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGc > 1:3690693/1‑46 (MQ=255) aaGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGc > 1:2414878/1‑46 (MQ=255) aaGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt > 1:2997961/1‑71 (MQ=255) cAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATg > 1:295881/1‑69 (MQ=255) cAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCa < 1:3211271/71‑1 (MQ=255) aaCTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAgg < 1:2027205/71‑1 (MQ=255) cTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGt > 1:3029931/1‑71 (MQ=255) cTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGt > 1:1346347/1‑71 (MQ=255) gTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAg > 1:3032479/1‑48 (MQ=255) gTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTaa > 1:4469654/1‑61 (MQ=255) gTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTaa > 1:2800855/1‑61 (MQ=255) ttGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt < 1:2975139/71‑1 (MQ=255) ttGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt < 1:22868/71‑1 (MQ=255) gAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGcc > 1:2402676/1‑35 (MQ=255) aaaTCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGAc < 1:880140/71‑1 (MQ=255) aaTCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGAc < 1:4481374/70‑1 (MQ=255) acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt > 1:2337341/1‑53 (MQ=255) acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt > 1:3410942/1‑53 (MQ=255) acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt > 1:2443384/1‑53 (MQ=255) acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAAt > 1:1440795/1‑53 (MQ=255) acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTg > 1:2950953/1‑70 (MQ=255) acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTg < 1:1754443/70‑1 (MQ=255) acaaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTg > 1:1437739/1‑70 (MQ=255) caaacaaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt < 1:3569589/62‑1 (MQ=255) caaGCTGGGCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGc > 1:1383460/1‑71 (MQ=255) gggCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt < 1:3976493/52‑1 (MQ=255) ggCATGCATGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTaa > 1:4628969/1‑40 (MQ=255) gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:1223038/71‑1 (MQ=255) gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:4544703/71‑1 (MQ=255) gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:1608766/71‑1 (MQ=255) gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:4394621/71‑1 (MQ=255) gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:1399953/71‑1 (MQ=255) gcatgcatGCCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGAAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:2628313/71‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTTCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGa < 1:514254/55‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt < 1:4479409/47‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt < 1:675079/47‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt < 1:1522484/47‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGtttt < 1:3075933/47‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGa < 1:4248610/55‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:2483964/68‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:4250900/68‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:2474278/68‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:4051996/68‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:489946/68‑1 (MQ=255) tgcatgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:3005809/68‑1 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCATGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGt < 1:3755540/66‑1 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGttt > 1:1812397/1‑44 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGaa > 1:70988/1‑54 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTaa > 1:2959882/1‑68 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTaa > 1:4005452/1‑68 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATg < 1:887424/70‑1 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:4531193/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:983405/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:607716/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:603094/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:4428825/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:4408352/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:1120020/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:3993712/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:1282201/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:351055/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:3415663/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:1302618/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:1083746/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:2997131/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:2976127/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:2534649/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:2374393/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:1819292/1‑71 (MQ=255) catgcCTGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGa > 1:1777609/1‑71 (MQ=255) catgcCAGGCCTCCGATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGt > 1:4100645/1‑42 (MQ=255) | GGAAAAACGTAAACCATGACCGTCAAGCAAACTGTTGAAATCACAAACAAGCTGGGCATGCATGCCCGGCCTGCAATGAAGCTGTTTGAATTAATGCAGGGTTTTGACGCTGAAGTGCTCTTACGTAATGA > W3110S.gb/3347806‑3347936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |