Predicted mutation
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RA	W3110S.gb	264,394	T→C	N13D (AAC→GAC)	yafX ←	hypothetical protein

Read alignment evidence...
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*	W3110S.gb	264,394	0	T	C	100.0%	246.6 / NA	72	N13D (AAC→GAC)	yafX	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (26/46);  total (26/46)

CTGTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATAAA  >  W3110S.gb/264326‑264451                                                                     |                                                          cTGTGGCCGGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAg                                                         <  1:2099596/71‑1 (MQ=255) cTGTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAg                                                         >  1:2768468/1‑71 (MQ=255) atgtgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGAGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAg                                                         >  1:209207/2‑71 (MQ=255)    tgGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCg                                                       <  1:4077104/70‑1 (MQ=255)      gCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGt                                                    >  1:1408878/1‑71 (MQ=255)      gCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGt                                                    >  1:1009439/1‑71 (MQ=255)      gCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGt                                                    <  1:3062791/71‑1 (MQ=255)          gAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGc                                                  >  1:4296473/1‑69 (MQ=255)             aTCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGt                                             >  1:941455/1‑71 (MQ=255)             aTCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGt                                             >  1:3549628/1‑71 (MQ=255)             aTCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGt                                             <  1:3913982/71‑1 (MQ=255)             aTCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGt                                             <  1:2722668/71‑1 (MQ=255)                gATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGt                                          >  1:2138830/1‑71 (MQ=255)                   aCGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGtgct                                       >  1:4363235/1‑71 (MQ=255)                    cGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGtgctg                                      >  1:1734063/1‑71 (MQ=255)                      cTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGtgctgc                                     >  1:2565399/1‑70 (MQ=255)                      cTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCg                                    >  1:2023267/1‑71 (MQ=255)                      cTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCg                                    >  1:2479387/1‑71 (MQ=255)                         ttCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTc                                  <  1:2445731/70‑1 (MQ=255)                           cATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtgt                               >  1:2049649/1‑71 (MQ=255)                           cATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtgt                               >  1:867777/1‑71 (MQ=255)                           cATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCtg                                <  1:443376/70‑1 (MQ=255)                             tCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTgtgt                             <  1:2111845/71‑1 (MQ=255)                               ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttg                           >  1:4100124/1‑71 (MQ=255)                               ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttg                           >  1:2443406/1‑71 (MQ=255)                               ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttg                           >  1:4302659/1‑71 (MQ=255)                               ggggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttg                           >  1:3057561/1‑71 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:2358401/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:3962355/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:3454253/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:4039410/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:665398/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:3081389/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:65804/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:2322326/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1873846/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:4055991/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1854849/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1775394/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGCGGGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:4350327/71‑1 (MQ=255)                                gggACCGGAGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:2997874/71‑1 (MQ=255)                                      ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:3141714/71‑1 (MQ=255)                                      ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:4009096/71‑1 (MQ=255)                                      ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:4051121/71‑1 (MQ=255)                                      ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:3506200/71‑1 (MQ=255)                                      ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:143841/71‑1 (MQ=255)                                      ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:3284594/71‑1 (MQ=255)                                      ggCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:1654379/71‑1 (MQ=255)                                       gCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCg                                    <  1:4494455/54‑1 (MQ=255)                                          tGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATg                <  1:2683292/71‑1 (MQ=255)                                            aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCTAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:1415227/59‑1 (MQ=37)                                            aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa                        >  1:4492793/1‑61 (MQ=255)                                            aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGtc              >  1:2063636/1‑71 (MQ=255)                                            aCGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGtc              >  1:3399040/1‑71 (MQ=255)                                               gTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCTTggg                    <  1:4073063/62‑1 (MQ=255)                                               gTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:523716/62‑1 (MQ=255)                                                 cAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa                        >  1:3634023/1‑56 (MQ=255)                                                 cAGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGt         >  1:2392871/1‑71 (MQ=255)                                                  aGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:289533/53‑1 (MQ=255)                                                  aGTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:553050/53‑1 (MQ=255)                                                  aGTTCAAATTCGGGTTGGGCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:3381803/53‑1 (MQ=25)                                                   gTTCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:4274912/58‑1 (MQ=255)                                                   gTTCAAATTCGGGTTGGGCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:3508562/52‑1 (MQ=25)                                                    ttCAAATTCGGGTTTGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:2305052/57‑1 (MQ=18)                                                     tCAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCa                        >  1:1030827/1‑52 (MQ=255)                                                      cAAATTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCaa      >  1:3355771/1‑69 (MQ=255)                                                        aaTTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:504830/71‑1 (MQ=255)                                                        aaTTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:1592184/71‑1 (MQ=255)                                                        aaTTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:4405041/71‑1 (MQ=255)                                                        aaTTCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATaaa  <  1:799210/71‑1 (MQ=255)                                                          ttCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:500982/51‑1 (MQ=255)                                                          ttCGGGTTGGTCAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:2430711/51‑1 (MQ=255)                                                                ttggtcAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATggg                    <  1:1157184/45‑1 (MQ=255)                                                                  ggtcAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGtgttgt                          <  1:2157198/37‑1 (MQ=255)                                                                     |                                                          CTGTGGCCAGAAATCGATACGCTGTTCATCGGGGACCGGCGTGACGGTCAGTTCAAATTCGGGTTGGTTAGCGGGTGCGAGGTCGTGCTGCGTCTGTGTTGTCATGGGTATGTCTCCGTCAATAAA  >  W3110S.gb/264326‑264451

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑