Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,725,733	+A	coding (576/1041 nt)	pstS →	phosphate transporter subunit

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,725,729	1	.	A	87.5%	95.8 / 8.4	32	coding (572/1041 nt)	pstS	phosphate transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (4/0);  new base A (0/28);  total (4/28)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.78e-05
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

AAAGTGAACGAAGAGTGGAAAAACAACGTTGGTACTGGCTCTACCGT‑AAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACG  >  W3110S.gb/3725683‑3725764                                                |                                    aaaGTGAACGAAGAGTGGAAAAACAACGTTGGTACTGGCTCTACCGT‑AAAATGGCCGATCGGTCt                   >  1:1196963/1‑65 (MQ=255) aaaGTGAACGAAGAGTGGAAAAACAACGTTGGTACTGGCTCTACCGT‑AAAATGGCCGATCGGTCt                   >  1:2472706/1‑65 (MQ=255) aaaGTGAACGAAGAGTGGAAAAACAACGTTGGTACTGGCTCTACCGT‑AAAATGGCCGATCGGTCt                   >  1:1684427/1‑65 (MQ=255) aaaGTGAACGAAGAGTGGAAAAACAACGTTGGTACTGGCTCTACCGT‑AAAATGGCCGATCGGTCt                   >  1:1761738/1‑65 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1835312/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1829851/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:2025961/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:2148831/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:2195459/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:2326381/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:2367892/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:2489441/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:471353/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:786854/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:821378/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:899319/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:941919/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1833711/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1818291/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1816905/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1808363/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1768870/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1764485/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1636295/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1580331/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1443516/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1205722/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1158521/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1125316/64‑1 (MQ=255)                    aaaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGATCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1274781/64‑1 (MQ=255)                     aaaCAACGTTGGTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:610113/63‑1 (MQ=255)                               ggTACTGGCTCTACCGTAAAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAacg  <  1:1040923/53‑1 (MQ=255)                                                |                                    AAAGTGAACGAAGAGTGGAAAAACAACGTTGGTACTGGCTCTACCGT‑AAAATGGCCGATCGGTCTGGGCGGTAAAGGTAACG  >  W3110S.gb/3725683‑3725764

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑