| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 477,949 | +A | intergenic (‑108/+56) | ylaB ← / ← ylaC | conserved inner membrane protein/predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 477,946 | 1 | . | A | 84.0% | 146.5 / 23.3 | 50 | intergenic (‑105/+59) | ylaB/ylaC | conserved inner membrane protein/predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/0); new base A (0/42); total (8/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAC > W3110S.gb/477913‑478004 | aggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCaga > 1:849934/1‑65 (MQ=255)aggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCaga > 1:1437566/1‑65 (MQ=255)aggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCaga > 1:1986800/1‑65 (MQ=255)aggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCaga > 1:331787/1‑65 (MQ=255) ggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCagag > 1:2457889/1‑65 (MQ=255) ggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCagag > 1:685906/1‑65 (MQ=255) ggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCagag > 1:62613/1‑65 (MQ=255) ggTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCagag > 1:568583/1‑65 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTCAc < 1:321768/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:2358922/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:2302792/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:2450122/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:2481984/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:2542615/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:344334/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:360865/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:394536/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:47235/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:559304/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:572880/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:665134/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:693347/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:699615/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:801343/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:809853/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:810641/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1645601/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:11914/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1303938/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1358539/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1399279/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1431494/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1438514/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1442600/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1460255/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1474245/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1630253/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1140465/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1750524/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1809413/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1816252/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1827013/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1833684/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1855479/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1948942/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1999925/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:2145420/65‑1 (MQ=255) gggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:2203422/65‑1 (MQ=255) ggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:1441270/64‑1 (MQ=255) ggTGGAAAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTCTACGCCTGGTATGTAACCCTAAc < 1:2402089/64‑1 (MQ=255) | AGGTAGAGCTGGTATTTCATGAAGTGATGGGTGG‑AAACGATCATTGTCATTTGACCAGGCGCAGAGCTTTACGCCTGGTATGTAACCCTAAC > W3110S.gb/477913‑478004 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |