Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2328047	2328103	57	79 [0]	[0] 15	atoC/atoD	fused response regulator of ato opeon, in two‑component system with AtoS/acetyl‑CoA:acetoacetyl‑CoA transferase, alpha subunit

CTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATA  >  W3110S.gb/2327982‑2328046                                                                 | ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2244230/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:337273/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:28030/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2490788/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2458998/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2446179/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2417326/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2356780/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2351198/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2285008/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:35600/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2180668/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2138462/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2094512/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2070979/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2068423/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2067488/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2062792/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1049140/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:73838/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:925642/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:908143/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:905867/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:902636/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:887736/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:788118/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:787433/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:785387/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:7449/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2062046/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  >  1:734063/1‑65 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  >  1:651209/1‑65 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:600818/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  >  1:530051/1‑65 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:408575/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:404714/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:39553/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:380480/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1183359/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  >  1:1562478/1‑65 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1403593/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1390970/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  >  1:1384430/1‑65 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1330226/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1228431/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1200732/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1192051/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1407483/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1183076/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1158944/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1109256/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1107884/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:110243/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1080523/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1068505/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  >  1:1067957/1‑65 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1586358/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1891437/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:180640/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1772313/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1745443/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1697123/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1695142/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1904758/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1908088/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1690963/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1916221/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  >  1:1652595/1‑65 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  >  1:1638737/1‑65 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1991847/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1623153/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2034095/65‑1 (MQ=255) ctcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAATTAAATAACTAAATCCaata  <  1:648146/65‑1 (MQ=255)  tcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTATATAAGTAAATCCaata  <  1:1611139/64‑1 (MQ=255)  tcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1203662/64‑1 (MQ=255)  tcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:1391186/64‑1 (MQ=255)  tcCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2055452/64‑1 (MQ=255)        taAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:712302/58‑1 (MQ=255)                       tttATCCCTTCATATTAAATTAGTTAAATAACTAAATCCaata  <  1:2363138/43‑1 (MQ=255)                                                                 | CTCCTTATAAATCCCCATCCAATTTATCCCTTCATATTCAATTAGTTAAATAACTAAATCCAATA  >  W3110S.gb/2327982‑2328046

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑