Missing coverage evidence...
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CGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTCAC  >  W3110S.gb/173698‑173762                                                                 | cagTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1079431/3‑65 (MQ=255) cGGTGCCGGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:903419/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:2369049/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:2084192/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:2418554/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:243291/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:2485710/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:2523011/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:2532894/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:372955/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:560476/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:666630/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:73244/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:743772/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:763652/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:773100/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:825935/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:2354451/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1053619/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1989367/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1915753/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1824846/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1751847/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1705769/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1658184/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1507757/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1472759/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1385072/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1331585/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1328172/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1193103/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1140898/1‑65 (MQ=255) cGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTcac  >  1:1078453/1‑65 (MQ=255)                                                                 | CGGTGCCAGGTAAACACCTTCGTCCAGCATCATATGGAAGAAACGCTTAAAGCGTTCCACGTCAC  >  W3110S.gb/173698‑173762

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑