Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2728245–2729628	2729647	20–1403	43 [0]	[0] 27	[rrsG]	[rrsG]

CTCTTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCTGTGTG  >  W3110S.gb/2728180‑2728244                                                                 | ctctTCAGCCTCACTTCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:873068/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:603667/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:102211/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:2123466/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:2221536/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:229658/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:2297723/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:235163/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:2498236/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:40036/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:428949/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:558331/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:200295/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:612021/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:613849/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:636438/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:647138/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:778883/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:836863/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:899834/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:962702/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1665541/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1118068/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1284385/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1370440/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1370731/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1384529/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1411980/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1532013/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1535314/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1932346/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1725041/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:174265/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1764144/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:178481/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1795433/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1915070/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACACCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1856456/65‑1 (MQ=255) ctctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACACCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1859390/65‑1 (MQ=255)  tctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:254840/64‑1 (MQ=255)  tctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:148767/64‑1 (MQ=255)  tctTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:1153598/64‑1 (MQ=255)                             cGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCtgtgtg  <  1:2531413/37‑1 (MQ=255)                                                                 | CTCTTCAGCCTCACTCCCAACGCGTAAACGCCTTGCTATTCACTTTTCATCAGACAATCTGTGTG  >  W3110S.gb/2728180‑2728244

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑