Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3345378	3345405	28	39 [0]	[0] 31	rpoN	RNA polymerase, sigma 54 (sigma N) factor

GAAGCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAACC  >  W3110S.gb/3345313‑3345377                                                                 | gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:621880/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:2030861/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:2128851/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:2131462/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:2343824/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:354189/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:364016/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:426700/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:552402/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:576778/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:2015862/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:656001/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:697179/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:72376/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:749754/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:82942/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:843302/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:936945/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:950020/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:974931/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1458875/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1030790/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1068710/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1110343/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1306405/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1352840/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1360617/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1408831/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1001786/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1616862/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1617956/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1645667/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:181002/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1815198/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1901509/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1922228/65‑1 (MQ=255) gaagCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1992700/65‑1 (MQ=255)             cTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1040498/53‑1 (MQ=255)                      tCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAAcc  <  1:1294897/44‑1 (MQ=255)                                                                 | GAAGCCGTCAATCTGATCCAGTCGCTCGATCCGCGCCCCGGGCAGTCGATCCAGACTGGCGAACC  >  W3110S.gb/3345313‑3345377

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑