Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3401557	3401639	83	38 [0]	[0] 11	yhdA	conserved inner membrane protein

TAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACG  >  W3110S.gb/3401493‑3401556                                                                | tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:565937/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:2215101/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:2240852/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:2258150/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:38359/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:402619/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:427747/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:462487/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:527135/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:2197529/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:686605/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:822208/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:862470/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:884787/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:898799/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:915205/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:98161/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:998929/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1705040/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:101219/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1314237/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:144785/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1459713/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1464539/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1601418/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:2102520/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1752726/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1767293/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:181891/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1896201/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1927256/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:198584/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:2005354/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:2008092/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCATCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1500330/64‑1 (MQ=255) tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATACAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1618214/64‑1 (MQ=255) caaCTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:1003723/63‑1 (MQ=255)  aaCTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACg  <  1:79910/63‑1 (MQ=255)                                                                | TAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACG  >  W3110S.gb/3401493‑3401556

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑