Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	249354	249416	63	7 [0]	[0] 28	fhiA	ECK0230:JW5811:b0229; flagellar system protein, promoterless fragment

CCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACC  >  W3110S.gb/249289‑249353                                                                 | ccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAcc  <  1:1162100/65‑1 (MQ=255) ccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAcc  <  1:1186314/65‑1 (MQ=255) ccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAcc  <  1:1420726/65‑1 (MQ=255) ccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAcc  <  1:1920837/65‑1 (MQ=255) ccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAcc  <  1:1981171/65‑1 (MQ=255) ccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAcc  <  1:442355/65‑1 (MQ=255) ccgcGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAAcc  <  1:867796/65‑1 (MQ=255)                                                                 | CCGCGAATCCGCTGGGTGAGCGGGTTACCCTGTGCTTTGTCCACCAGCGCCACCAGTTTGTAACC  >  W3110S.gb/249289‑249353

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑