Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3487716	3487723	8	45 [0]	[0] 8	yijP	conserved inner membrane protein

TCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAACC  >  W3110S.gb/3487651‑3487715                                                                 | tCATGTTCCGCCGGGATTAACCGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACCACGCTAAcc  >  1:378166/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:49212/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2196342/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2206133/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2324890/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2357142/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:238835/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2482783/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2489976/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:27994/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:383546/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:416863/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2184080/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:492799/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:503072/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:53210/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:71808/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:802189/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:861432/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:885753/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:908422/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:973301/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:998617/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1507591/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1060435/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1089501/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1114752/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1142834/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1175931/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1206372/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1246020/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1280411/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1485847/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1049040/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1687451/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:174347/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1765979/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1860616/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1876214/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:1997741/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2097265/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2111941/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2120748/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:2135034/1‑65 (MQ=255) tCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAAAGATTATGACAACGCTAAcc  >  1:114855/1‑65 (MQ=255)                                                                 | TCATGTTCCGCCGGGATTAAACGCGGAAGAGCTGGAGTCATATAACGATTATGACAACGCTAACC  >  W3110S.gb/3487651‑3487715

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑