Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3531554	3531565	12	29 [0]	[3] 13	cpxR	DNA‑binding response regulator in two‑component regulatory system with CpxA

CTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTA  >  W3110S.gb/3531489‑3531553                                                                 | cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2194723/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:845691/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:64085/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:626621/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:374435/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:282706/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:276997/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2491674/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2441771/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2390139/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2369348/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2326254/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2287226/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2263237/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2171122/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2170148/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2132742/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:2041605/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:1996701/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:1889057/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:1837294/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:1771293/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:1702800/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:948434/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:1551361/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:1136666/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGGCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:951980/65‑1 (MQ=255) cTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGGCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:1653999/65‑1 (MQ=255)  tGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTa  <  1:1227007/64‑1 (MQ=255)                                                                 | CTGAGTTTACCCTGCTCTATTTGCTGGCACAGCATCTGGGTCAGGTGGTTTCCCGTGAACATTTA  >  W3110S.gb/3531489‑3531553

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑