Missing coverage evidence...
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AGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGC  >  W3110S.gb/3677339‑3677403                                                                 | ggTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1697268/64‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCTGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2351342/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1118072/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:592830/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:430648/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:343128/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:320030/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2498854/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2452393/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2405665/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2358384/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2338713/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2335336/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2333255/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2311674/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2232819/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2124586/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2093749/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:2075098/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1935399/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1888465/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1877340/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:174950/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1729022/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1522224/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1521358/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1441206/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1291303/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGc  <  1:1040167/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCGCTGc  <  1:973305/65‑1 (MQ=255) aGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGCTGCAGCTCTGc  <  1:741040/65‑1 (MQ=255)  gTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGTTTGCAGCTCTGc  <  1:1790752/64‑1 (MQ=255)                                                                 | AGTTGCCCGTTATCTACCGCGCCTTCCGGAATAGCTTTACCCAGGTCGCCCGGTTGCAGCTCTGC  >  W3110S.gb/3677339‑3677403

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑