Missing coverage evidence...
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CACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTGG  >  W3110S.gb/3977706‑3977769                                                                | cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTGACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2319630/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2487611/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2085996/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:132462/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2245929/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2249829/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2317404/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2339282/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2479246/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2136698/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:465285/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:57248/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:584783/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:6782/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:755421/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:784350/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:877951/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1742932/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1327380/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1375239/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1419383/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1660267/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1670408/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1715316/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2019543/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1755190/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1786585/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1863784/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:188643/64‑1 (MQ=255) cACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1974541/64‑1 (MQ=255)  aCCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1724289/63‑1 (MQ=255)  aCCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:412619/63‑1 (MQ=255)  aCCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:1938561/63‑1 (MQ=255)  aCCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2199749/63‑1 (MQ=255)      gCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:2376475/59‑1 (MQ=255)                   gAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTgg  <  1:15717/46‑1 (MQ=255)                                                                | CACCCGCCCCTGGTTGAGGAAGTCGTTCACGTAGCTGCTGCCGAAGGCGGTGGAAATTGTCTGG  >  W3110S.gb/3977706‑3977769

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑