Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	295805	295813	9	29 [0]	[0] 13	intF	predicted phage integrase

CAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACAA  >  W3110S.gb/295742‑295804                                                               | cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:2295790/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:906818/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:878370/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:827562/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:755588/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:697385/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:598326/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:491780/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:2442141/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:238775/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:2345831/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:232094/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:1007668/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:2240073/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:2238376/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:2215970/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:2138742/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:2101972/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:1747264/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:1568547/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:1496914/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:1412749/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:1410653/63‑1 (MQ=255) cAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:136730/63‑1 (MQ=255)  aaTGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:2302948/62‑1 (MQ=255)  aaTGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:45508/62‑1 (MQ=255)                  tCGGTCCTTGGCCTGTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:1915517/46‑1 (MQ=39)                    gggCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:831518/44‑1 (MQ=255)                         ttGGCCTCTTTTTTTTCTTTCGCCTCCACGACTGGACaa  <  1:112021/39‑1 (MQ=255)                                                               | CAATGGTCCAGCCGAAGTCGGGCCTTGGCCTCTTTTTTTACTTTCGCCTCCACGACTGGACAA  >  W3110S.gb/295742‑295804

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑