Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4174528	4174543	16	33 [3]	[0] 10	gspO	bifunctional prepilin leader peptidase and methylase

AGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTGCGCAT  >  W3110S.gb/4174463‑4174529                                                                 |   aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTATATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:2257634/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1976759/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:989622/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:959538/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:653100/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:653023/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:425861/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:346801/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:2437192/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:236850/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:2352489/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:2266173/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:2258796/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:2097004/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:2068522/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:2009651/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1939003/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1123647/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1165244/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1184806/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1337741/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1466552/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1575145/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1629773/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1714172/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1728471/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1861160/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1888687/65‑1 (MQ=255) aGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1110033/65‑1 (MQ=255)   cACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTGCGCAt  <  1:1624460/65‑1 (MQ=255)   cACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTGCGCAt  <  1:158002/65‑1 (MQ=255)   cACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTGCGCAt  <  1:340548/65‑1 (MQ=255)       ccATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTgcgc    <  1:1417269/59‑1 (MQ=255)                                                                 |   AGCACCCCATAGCCCGCTACCGCGCCGTAAACCGCATCATGTAAATCAATTAATCCATACTGCGCAT  >  W3110S.gb/4174463‑4174529

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑