Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4546988	4546998	11	32 [0]	[0] 15	fimE	tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA

TTTTCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACG  >  W3110S.gb/4546923‑4546987                                                                 | ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:2028618/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:953286/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:949024/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:826394/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:787052/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:722829/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:65504/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:643881/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:505707/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:429821/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:394836/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:2480827/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:241287/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:2367383/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:2081528/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:106885/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1917836/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1913859/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1871816/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1734034/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1636764/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1577003/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1555328/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1552943/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1348031/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1315059/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1303103/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1270827/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1227691/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:1202541/65‑1 (MQ=255) ttttCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:111590/65‑1 (MQ=255)              aCCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGATGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACg  <  1:935318/52‑1 (MQ=255)                                                                 | TTTTCTACCGTTCACCCGTTACGTTTTGATGAGCGTGAAGCCGTGGAACGCTGGACCCAGGAACG  >  W3110S.gb/4546923‑4546987

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑