Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4549915	4549919	5	36 [0]	[0] 18	fimD	outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis

GGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGA  >  W3110S.gb/4549850‑4549914                                                                 | ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:363814/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2186621/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2304269/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2342808/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2393674/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2420564/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2505904/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:284126/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:342076/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1177344/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:570441/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:697310/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:740549/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:777043/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:828793/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:863124/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:96809/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1590310/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1081268/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1215614/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1304281/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1304425/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1425344/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:153731/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1568896/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1588196/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2072133/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1648748/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1681103/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1935396/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:1973286/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2019015/65‑1 (MQ=255) ggTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2034087/65‑1 (MQ=255)  gTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:29436/64‑1 (MQ=255)  gTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:903628/64‑1 (MQ=255)  gTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGa  <  1:2256075/64‑1 (MQ=255)                                                                 | GGTTTTTTTGTCCGACTCGTTGTCGCCTGTGCTTTTGCCGCACAGGCACCTTTGTCATCTGCCGA  >  W3110S.gb/4549850‑4549914

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑