Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	580789	580791	3	23 [0]	[0] 27	tfaD	DLP12 prophage region; ECK0553:JW5815:b0561; predicted tail fiber assembly protein

CGCTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGA  >  W3110S.gb/580724‑580788                                                                 | cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:2377677/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:72647/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:598142/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:483928/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:441916/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:419153/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:395167/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:2510103/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:2508576/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:2507196/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:2435721/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:1105418/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:2202039/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:1995420/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:1824698/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:1652842/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:1570131/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:1566745/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:1521374/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:1303733/65‑1 (MQ=255) cgcTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:1250683/65‑1 (MQ=255)                 ccTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:2003904/49‑1 (MQ=255)                    ttCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGa  <  1:477812/46‑1 (MQ=255)                                                                 | CGCTGGGAAACACTGCCCTTTCAGCGGGCCATCATGAATGCGATGGGCAGCGACTACATCCGTGA  >  W3110S.gb/580724‑580788

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑