Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1134466	1134476	11	34 [2]	[0] 25	flgE	flagellar hook protein

TCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAACCGTAACCT  >  W3110S.gb/1134402‑1134473                                                                |         tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:2059074/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:978019/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:952008/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:886826/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:881286/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:840143/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:63882/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:560853/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:558233/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:440050/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:423231/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:343381/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:304537/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:281115/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:2500911/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:2064812/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1567791/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1067778/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1129669/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1318834/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1358016/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1378152/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:2017569/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1573443/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1733734/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1769382/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:181268/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1867422/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1955847/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1999741/64‑1 (MQ=255) tCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAACCTGGATGAAAAc          <  1:673751/64‑1 (MQ=255)     gTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAAc          <  1:1515917/60‑1 (MQ=255)        gACAGCAACGGTTAGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAACCGTAACCt  <  1:1154922/65‑1 (MQ=255)        gACAGCAACGGTACGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAACCGTAACCt  <  1:1035793/65‑1 (MQ=255)                                                                |         TCTGGTAGACAGCAACGGTTCGGTGTTCTACAGCCGTAACGGACAATTTAAGCTGGATGAAAACCGTAACCT  >  W3110S.gb/1134402‑1134473

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑