Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1140221	1140246	26	35 [2]	[0] 6	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

ATGCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTATG  >  W3110S.gb/1140157‑1140222                                                                |   atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:2147688/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:899887/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:839804/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:80484/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:783957/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:769140/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:582321/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:362747/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:2525275/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:2524274/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:2513557/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:2479912/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:239278/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:2280054/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:2268223/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1061116/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1914441/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1153671/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:135953/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1381449/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1408455/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1410659/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1418893/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:142269/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1517712/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1604985/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1661038/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1752593/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1909380/64‑1 (MQ=255) atgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:2040154/64‑1 (MQ=255)  tgCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1804340/63‑1 (MQ=255)   gCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTATg  <  1:255198/64‑1 (MQ=255)   gCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTATg  <  1:831411/64‑1 (MQ=255)        tattaCCAACCAGTTACTTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:359985/57‑1 (MQ=255)                            cggcgCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTa    <  1:1347264/37‑1 (MQ=255)                                                                |   ATGCGTTTATTACCAACCAGTTACGTGCGGCGCAGACGCAAAGTAGCGGTCTGACTGCCCGCTATG  >  W3110S.gb/1140157‑1140222

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑