Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1142492	1142503	12	35 [0]	[0] 19	flgL	flagellar hook‑filament junction protein

TGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCAA  >  W3110S.gb/1142433‑1142491                                                           | tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAATTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2405271/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:505509/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2340163/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2418478/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2419114/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2478810/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:250735/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2518667/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:259369/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2272556/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:610510/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:710786/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:729676/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:800513/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:821404/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:845895/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:997592/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1800143/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1079406/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1120618/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1156365/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1188265/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1334153/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1529089/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1566121/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1048828/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1809447/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1828397/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1890001/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:201166/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2025490/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2230491/59‑1 (MQ=255) tGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATATTACATCATGCAGCaa  <  1:1826911/59‑1 (MQ=255)  gAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:1405248/58‑1 (MQ=255)  gAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCaa  <  1:2360299/58‑1 (MQ=255)                                                           | TGAGCGATCTGGTTGATGTGGACTGGAATGCAACTATTTCATCTTACATCATGCAGCAA  >  W3110S.gb/1142433‑1142491

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑