Missing coverage evidence...
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TCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGGTGT  >  W3110S.gb/1173285‑1173349                                                                 | tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:535226/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:2209325/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:2229649/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:2250544/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:2525857/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:309433/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:343135/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:360740/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:500037/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:2206088/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:648949/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:680070/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:700128/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:729480/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:77711/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:826525/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:999859/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:107419/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:2140766/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1911743/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1905028/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1885863/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1607306/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1569453/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1533629/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1525760/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1513044/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1445916/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:142740/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1195411/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1154020/1‑65 (MQ=255) tCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATACGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1754370/1‑65 (MQ=255) tCAGAAAATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGgtgt  >  1:1446189/1‑65 (MQ=255)                                                                 | TCAGAATATCCACGTTCGCGCGCATCGCTTTAATGCGCTCTTTATGACGCACCCCGAAGCGGTGT  >  W3110S.gb/1173285‑1173349

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑