Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1246108	1246257	150	33 [0]	[3] 4	ycgR/ymgE	protein involved in flagellar function/predicted inner membrane protein

GTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCACGCG  >  W3110S.gb/1246044‑1246107                                                                | gTAGCACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1221266/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:711196/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:263370/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:290570/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:366349/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:383134/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:578700/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:596246/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:65577/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:659839/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:2407320/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:725168/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:759095/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:778018/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:808526/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:857857/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:879026/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:2521032/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1027658/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:2229787/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:2194786/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:2130686/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:2027057/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1956620/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1949437/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1880472/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1811834/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1740355/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1560530/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1497301/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1448742/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1147066/64‑1 (MQ=255) gTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCAcgcg  <  1:1097102/64‑1 (MQ=255)                                                                | GTAACACGCCCAGGACGGCTAACGGATTTTGTTTCAGGAACTGCTCATGGTAATGACTCACGCG  >  W3110S.gb/1246044‑1246107

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑