Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1429248	1429255	8	41 [0]	[0] 13	lomR lomR	ECK1366:JW5884:b1369; Rac prophage region; hypothetical protein, N‑ter fragment ECK1366:JW5884+JW5904:b4570; Rac prophage region; hypothetical protein

CTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGG  >  W3110S.gb/1429183‑1429247                                                                 | cTGGTTCAGCGTGATTGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:159433/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2372069/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2000981/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:205616/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:210409/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2105313/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2121146/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2123900/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2156883/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2180720/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2285691/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1992274/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2402341/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:2439731/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:320958/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:481858/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:584424/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:694309/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:788460/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:883513/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:949971/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1496551/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1080459/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1100510/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:114697/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1150227/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1288006/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1321585/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1330726/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1003856/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1544735/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1576737/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1599848/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1681597/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1791673/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1886490/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1912275/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1951750/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1991085/65‑1 (MQ=255) cTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGCGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:1243084/65‑1 (MQ=255)                          tCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATgg  <  1:54052/40‑1 (MQ=255)                                                                 | CTGGTTCAGCGTGATGGTGGGGCCGTCTGTGCGCGTGAATGAATGGTTCAGCGCGTATGCGATGG  >  W3110S.gb/1429183‑1429247

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑