Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2074828	2074892	65	10 [0]	[0] 14	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

TGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGC  >  W3110S.gb/2074764‑2074827                                                                | tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:1047846/64‑1 (MQ=255) tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:1183706/64‑1 (MQ=255) tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:1232912/64‑1 (MQ=255) tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:1919408/64‑1 (MQ=255) tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:2114212/64‑1 (MQ=255) tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:2114422/64‑1 (MQ=255) tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:2482449/64‑1 (MQ=255) tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:2527847/64‑1 (MQ=255) tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:254104/64‑1 (MQ=255) tgatgGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGc  <  1:286292/64‑1 (MQ=255)                                                                | TGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCATGGGAAATGGC  >  W3110S.gb/2074764‑2074827

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑