Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2472063	2472071	9	5 [0]	[0] 32	intS	predicted prophage CPS‑53 integrase

TATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAT  >  W3110S.gb/2472072‑2472136 |                                                                 tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGAt                    >  1:2492423/1‑47 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGaaaa   >  1:1188580/1‑64 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGaaaa   >  1:1353420/1‑64 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGaaaa   >  1:1566777/1‑64 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:410791/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:2408946/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:2538461/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:275456/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:280595/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:310842/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:325659/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:21318/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:630695/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:744607/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:83909/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:901135/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:953430/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:957134/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:2198059/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1130732/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:2034951/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:2032987/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1818800/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1807941/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1712068/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1555360/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1393972/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1336673/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1256195/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1238555/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1185318/1‑65 (MQ=255) tATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAt  >  1:1143881/1‑65 (MQ=255) |                                                                 TATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTAAGGAGAAAAT  >  W3110S.gb/2472072‑2472136

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑