Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3289539	3289568	30	16 [0]	[0] 39	yraJ	predicted outer membrane protein

GCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCT  >  W3110S.gb/3289569‑3289632 |                                                                gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:405801/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2344449/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2354485/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2357163/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2389780/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2420380/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:243093/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2441023/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:257828/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:353465/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2313727/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:630410/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:659891/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:716149/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:797644/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:832765/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:871938/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:921468/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:933766/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1805200/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1051507/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1141192/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1146157/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1510155/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:163081/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1637427/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1688183/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1690111/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1743231/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1028975/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1806648/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1886201/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:1933034/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2071248/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2180411/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2210592/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2227986/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2260877/64‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTAAGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCt  <  1:2369998/64‑1 (MQ=255) |                                                                GCAATCGTGACTATCAGGCAAAATGGTTATGTGATCTATCAAAGCAACGTGTCAGCGGGTGCCT  >  W3110S.gb/3289569‑3289632

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑