Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3745622	3745651	30	9 [0]	[0] 36	mdtL	multidrug efflux system protein

GCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTCC  >  W3110S.gb/3745652‑3745715 |                                                                gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:2471266/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1072547/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1768101/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1920721/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1946205/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:2051973/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:2225731/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:2264447/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:2313328/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1754783/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:391009/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:542700/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:648919/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:670736/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:67196/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:727274/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:88330/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:987666/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:134201/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:107979/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1115051/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1115704/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1120568/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1171757/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1253710/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1274718/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1332170/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:171017/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1386377/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1485589/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1493840/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1550222/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1583194/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1612504/64‑1 (MQ=255) gCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:1699610/64‑1 (MQ=255) gCTCACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTcc  <  1:2230734/64‑1 (MQ=255) |                                                                GCTGACGCCAGCGGTCAGCGCCATAATGGTGGCGTATTCACCGCGCTCAAACCCCATGATTTCC  >  W3110S.gb/3745652‑3745715

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑