Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3842593	3842607	15	10 [0]	[1] 28	rfaL	O‑antigen ligase

GTCTTGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATTA  >  W3110S.gb/3842605‑3842672    |                                                                 gTCTTGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTc      >  1:1223635/1‑64 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:2032250/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:990199/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:978908/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:85843/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:754489/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:700953/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:621899/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:612513/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:528421/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:475026/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:2537267/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:2380088/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:2102481/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:2098946/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1176635/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:2003305/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1809736/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1782951/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1734540/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1710844/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1613436/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1483335/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1429739/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1395315/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1386722/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1303029/65‑1 (MQ=255)    ttGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATta  <  1:1220171/65‑1 (MQ=255)    |                                                                 GTCTTGCACCTAGGGAAGTAACACTATTAGCATTGGTATAACTGTTTAAGTCATTTAATGCTTCATTA  >  W3110S.gb/3842605‑3842672

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑