Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1135646	1135660	15	14 [0]	[2] 25	flgF	flagellar component of cell‑proximal portion of basal‑body rod

CCGCTGACGGCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCA  >  W3110S.gb/1135653‑1135725         |                                                                 ccGCTGACGGCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTg          <  1:1116983/65‑1 (MQ=255) ccGCTGACGGCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTg          <  1:1287054/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGTCAACTGACAATTCa  <  1:1914292/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1902450/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:897566/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:88892/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:562799/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:39260/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:25761/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:2525675/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:2347402/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:221043/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:2184317/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:2107363/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:2029648/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1032497/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1851139/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1656184/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1609817/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1600973/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1498722/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1462902/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1360965/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1109482/65‑1 (MQ=255)         ggCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCa  <  1:1063620/65‑1 (MQ=255)         |                                                                 CCGCTGACGGCAGCGAAGGGTATACGCGTAATGGCAGCATTCAGGTTGATCCCACCGGGCAACTGACAATTCA  >  W3110S.gb/1135653‑1135725

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑