Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1139163	1139170	8	7 [0]	[0] 25	flgJ	muramidase

ACCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTA  >  W3110S.gb/1139171‑1139233 |                                                               aCCAGCAGATTGCCCCACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1429566/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1800040/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:878246/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:59968/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:589152/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:354489/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:2488571/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:2395760/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:2303253/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:2266842/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:2257884/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:2028194/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1866769/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1853188/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1046133/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1721739/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1676896/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1650538/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1608353/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1451100/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1414700/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1406721/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1295491/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1264728/1‑63 (MQ=255) aCCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTa  >  1:1072712/1‑63 (MQ=255) |                                                               ACCAGCAGATTGCCCAACAGATGACGGCGGGCAAAGGTCTGGGGCTTGCAGAGATGATGGTTA  >  W3110S.gb/1139171‑1139233

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑