Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1140522	1140542	21	28 [0]	[0] 26	flgK	flagellar hook‑filament junction protein 1

AATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAG  >  W3110S.gb/1140543‑1140607 |                                                                 aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTTGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1162159/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGgtgt           >  1:484088/1‑56 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGgtgt           >  1:2267409/1‑56 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCa   >  1:1648589/1‑64 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCa   >  1:1054939/1‑64 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1983314/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:945855/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:830279/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:755407/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:328552/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:30767/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:2540042/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:2509151/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:2429759/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:2206233/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:2162973/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1979654/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1925499/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1860163/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1621717/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1511115/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:150354/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1334240/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1293437/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1218500/1‑65 (MQ=255) aaTCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAg  >  1:1132634/1‑65 (MQ=255) |                                                                 AATCTGCTGGATCAACGCGATCAACTGGTGAGCGAATTAAACCAGATTGTTGGTGTAGAAGTCAG  >  W3110S.gb/1140543‑1140607

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑