Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1193741	1193977	237	10 [0]	[0] 29	hflD	predicted lysogenization regulator

ACTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCG  >  W3110S.gb/1193978‑1194041 |                                                                aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTTGCTTCGCTACCg  >  1:950023/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTAcc   >  1:1175704/1‑63 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:224380/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:875265/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:786339/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:751052/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:73731/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:730251/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:524065/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:518793/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:440407/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:346079/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:284908/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:2494072/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:2415399/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:2329022/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:1105592/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:2225375/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:2147589/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:2135462/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:2040818/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:1840308/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:1583341/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:1536677/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:1393201/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:1320361/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:1215958/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:1204722/1‑64 (MQ=255) aCTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCg  >  1:1149308/1‑64 (MQ=255) |                                                                ACTGCTGGCATTGAGCACGCCGAGCAGGGTTTCCAGCCCGACGCGCAGGTTGGCTTCGCTACCG  >  W3110S.gb/1193978‑1194041

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑