Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2074746	2074753	8	24 [0]	[0] 9	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

CCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAT  >  W3110S.gb/2074754‑2074817 |                                                                cccGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCa   >  1:1780212/1‑63 (MQ=255) cccGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAt  >  1:1221306/1‑64 (MQ=255) cccGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAt  >  1:1389726/1‑64 (MQ=255) cccGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAt  >  1:1730689/1‑64 (MQ=255) cccGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAt  >  1:1897776/1‑64 (MQ=255) cccGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAt  >  1:2067282/1‑64 (MQ=255) cccGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAt  >  1:2113018/1‑64 (MQ=255) cccGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAt  >  1:760258/1‑64 (MQ=255) cccGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAt  >  1:810113/1‑64 (MQ=255) |                                                                CCCGCGTGGATGATGGCGGAACGCTGGATGTCCGCAACGGTGGCACCGCCACCACCGTATCCAT  >  W3110S.gb/2074754‑2074817

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑