Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2076271	2076281	11	8 [0]	[0] 15	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

CTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCA  >  W3110S.gb/2076282‑2076344 |                                                               cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:1414785/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:1466176/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:1486640/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:1633225/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:1874858/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:2031371/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:2044289/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:2136879/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:2151799/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:2151912/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:2323610/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:2349904/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:2536750/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:78951/63‑1 (MQ=255) cTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCa  <  1:902092/63‑1 (MQ=255) |                                                               CTCACTGGAAACCGGTCTGCCCTTCAGTATCACTGACAACCTGATGCTGGAGCCACAACTGCA  >  W3110S.gb/2076282‑2076344

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑