Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2076345	2076351	7	15 [0]	[0] 49	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

TGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAG  >  W3110S.gb/2076352‑2076416 |                                                                 tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCa   >  1:775453/1‑64 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:572731/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2334735/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2360358/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2374352/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2444923/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2521662/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:30587/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:308181/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:348455/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:390942/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:468899/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:552224/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2175527/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:710898/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:808868/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:833332/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:83496/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:851169/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:86460/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:87334/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:888732/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:929631/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:930572/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1568388/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1055566/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1120546/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1135463/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1267371/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1291500/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1335466/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1355388/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1371461/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:140368/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1470306/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1538715/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1050945/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1635514/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1717363/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1800305/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1811522/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1821404/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:1916913/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2092114/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2117018/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2118182/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:2160206/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGAAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:763025/1‑65 (MQ=255) tGGCAGGGACTTTCCCCGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAg  >  1:208901/1‑65 (MQ=255) |                                                                 TGGCAGGGACTTTCCCTGGATGACGGTAAGGACAACGCCGGTTATGTGAAGTTCGGGCATGGCAG  >  W3110S.gb/2076352‑2076416

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑