Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2108227	2108239	13	17 [0]	[0] 19	wbbH	O‑antigen polymerase

ATACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATGAA  >  W3110S.gb/2108240‑2108304 |                                                                 aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1700865/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:84532/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:810869/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:745812/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:56500/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:505359/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:286938/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1850238/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1783923/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1764461/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1024853/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:160609/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1487482/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1469769/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1369107/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1361874/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1209188/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1093830/65‑1 (MQ=255) aTACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGACATGAAGCTTTCATGATAAAAAATgaa  <  1:1679029/65‑1 (MQ=255) |                                                                 ATACAAAGAGTTATTTGTATCCAACTGCTAATATTAGTCATGAAGCTTTCATGATAAAAAATGAA  >  W3110S.gb/2108240‑2108304

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑