Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	1,072,077	0	C	A	73.5%	63.6 / 44.1	49	E37D (GAG→GAT)	rarA	predicted hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/13);  new base A (0/36);  total (0/49)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.90e-01
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold.

GGTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAACC  >  W3110S.gb/1072038‑1072102                                        |                          ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:2180344/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:959379/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:935490/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:848468/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:72352/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:354309/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:2276598/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:2061910/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:1369758/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:1314762/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:1213170/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:1198349/64‑1 (MQ=255) ggTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAc   <  1:1069646/64‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCTGTAAcc  <  1:1142185/51‑1 (MQ=38)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:701190/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:339200/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1144205/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:364306/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:370044/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:443608/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:53880/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:594673/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:676296/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1299560/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1029496/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:81588/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1114753/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:849941/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:868752/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:884810/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:929503/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:2128326/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1201699/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1421712/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1660929/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1711492/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1870030/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:189694/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1969775/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:246001/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:2134265/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:2159822/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1006825/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:2183852/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:2240537/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:2250682/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:1166886/51‑1 (MQ=255)               cGTAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:2278301/51‑1 (MQ=255)                 tAACAGACTACCTGATACTCCTGATCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAAcc  <  1:191716/49‑1 (MQ=255)                                        |                          GGTGCCGCGCTGGTCGTAACAGACTACCTGATACTCCTGCTCCAGCACCGCCAGTTGCGGTAACC  >  W3110S.gb/1072038‑1072102

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑